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Immuno-oncologie

Les plateformes OMICS4 caractérisent le microenvironnement tumoral grâce à une approche multi-omics intégrée, réservables et prêtes pour l'audit à chaque étape.

Aperçu

Compartiments tumoral et immunitaire, séquencés

OMICS4 réalise le travail de laboratoire derrière les études d'immuno-oncologie. Les compartiments tumoral et immunitaire sont extraits, séquencés et contrôlés dans nos propres laboratoires, et restitués en données primaires que votre équipe peut analyser elle-même ou confier à GenXMap.

Plateaux

Les plateaux mobilisés par une étude IO

Transcriptomique

Séquençage ARN bulk et cellule unique des compartiments tumoral et immunitaire.

  • RNA-seq bulk sur une cohorte
  • Préparation de librairies et séquençage cellule unique
  • Confirmation RT-qPCR de transcrits choisis
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Génomique

Séquençage de l'exome et de panels ciblés sur matériel tumoral.

  • Préparation de librairies NGS
  • Séquençage de l'exome
  • Panels ciblés sur variants connus
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PCR quantitative & génotypage

Confirmation orthogonale d'un marqueur candidat.

  • qPCR sur de nombreux échantillons
  • PCR digitale pour variants peu abondants
  • Génotypage sur variants connus
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Extraction & contrôle qualité

ARN et ADN extraits de matériel tumoral difficile.

  • Blocs et lames FFPE
  • Tissu congelé, PBMC, sang total
  • Un rapport QC sur chaque échantillon
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Les échantillons acceptés

Blocs et lames FFPE, tissu tumoral congelé, biopsies, PBMC, sang total et suspensions cellulaires. Les quantités minimales, seuils de RIN et critères de qualité de l'ADN sont publiés par type d'échantillon. Le matériel d'archive et à faible entrée est traité couramment : si votre matériel passe sous les seuils publiés, signalez-le dans la demande de devis et nous vous dirons ce qui est faisable avant tout envoi.

Des collectes multi-sites, un seul lot

Les biopsies d'une cohorte IO viennent rarement d'un seul endroit. Les collectes arrivant de plusieurs centres sont enregistrées à la réception et consolidées en un lot unique, traité selon un protocole documenté, pour qu'une différence entre centres ne devienne pas une différence entre courses.

Ce que vous recevez

Un rapport QC pour chaque échantillon. Les fichiers de séquençage et, quand le service le couvre, les sorties alignées et quantifiées. Des tableaux de résultats pour la PCR et le travail protéique. Des exports dans les formats que votre équipe importe déjà, et des délais publiés par service.

Où s'arrête la paillasse

L'analyse, l'intégration, la découverte de biomarqueurs et la modélisation ne font pas partie d'une réservation de plateau. Elles sont assurées par l'équipe computationnelle de GenXMap. Demandez-les dans la demande de devis, les deux sont cadrés ensemble.

L'analyse chez GenXMap

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